La Secretaría Auxiliar de Permisos, Endosos y Servicios Especializados tiene la responsabilidad de manejar los recursos naturales y los bienes de dominio público mediante la emisión de permisos y endosos.  Fiscaliza las actividades de origen antropogénico y fiduciario de los bienes de dominio público que están vinculadas directamente con el desarrollo económico del País (Reglamentos: 4860, 6916, y 6213).  Evalúa y emite endosos o comentarios a las propuestas de desarrollo y actividades reguladas por otras entidades gubernamentales donde el Departamento participa en el proceso evaluativo como agencia experta y con jurisdicción sobre los recursos naturales. También, evalúa y endosa los estudios hidrológicos. Además, presta asesoramiento técnico, servicios de agrimensura, particularmente los deslindes de bienes de dominio público, y en aspectos de geología, tanto para el trámite de permisos y endosos como a otras unidades que conforman el Departamento.

• Realizar investigaciones científicas que apoyan las decisiones del Departamento de Recursos Naturales y Ambientales.
• Asesorar a las áreas en la implantación de la política pública.
• Crear un grupo técnico interdisciplinario permanente que evalúe solicitudes de permisos y endosos a la vez que ofrece asesoramiento en distintos asuntos en el ejercicio de cumplir el deber ministerial de la Agencia.
• Evaluar el impacto de los desarrollos en los recursos naturales del País.