Esta secretaría, dirigida por el planificador Vicente Quevedo Bonilla, tiene la responsabilidad principal de asesorar al Secretario del Departamento de Recursos Naturales y Ambientales (DRNA) en el establecimiento y ejecución de la política pública sobre el uso, conservación, desarrollo y administración de los recursos naturales de Puerto Rico. La SAPI administra la Ley del Programa de Patrimonio Natural de Puerto Rico (Ley 150 de 4 de agosto 1988) mediante el programa de Patrimonio Natural y cumple su encomienda a través de dos unidades administrativas, además de la oficina propia de la Secretaría Auxiliar: División de Planificación de Recursos Terrestres y División de Patrimonio Natural. Estas unidades preparan un plan de trabajo de acuerdo a sus responsabilidades particulares, según dispuestas por ley o por compromisos y acuerdos con programas del DRNA. Además, cada unidad puede realizar proyectos especiales relacionados con las responsabilidades generales de la Secretaría según les sean solicitados.

• Recomienda la designación de áreas naturales con valor ecológico significativo como reservas naturales (RN).
• Propone estrategias de manejo para las áreas clasificadas como área de planificación especial (APE) por el Programa de Manejo de la Zona Costanera y otras áreas naturales protegidas.
• Asesora al Secretario y prepara diferentes tipos de acuerdos entre el DRNA, agencias estatales o federales y particulares para maximizar la efectividad de las diferentes gestiones programáticas de la Secretaría.
• Participa en comités de trabajo interagenciales, con municipios y otras entidades públicas y privadas, como asesores técnicos en el desarrollo de política pública del Departamento.
• Todas las unidades adscritas a la Secretaría participan en el análisis, evaluación y elaboración de recomendaciones sobre proyectos de ley, planes de ordenamiento territorial, documentos ambientales y otros, según se entienda necesario.

La Secretaría Auxiliar de Planificación Integral cuenta con personal administrativo y planificadores.