La División de Protección de Aguas Subterráneas fue creada para fiscalizar las instalaciones con tanques de almacenamiento soterrados (TAS) y con sistemas de inyección subterránea (SIS)  y responder  a la problemática de escapes provenientes de los mismos que pudieran estar afectando el recurso del agua subterránea. Para fiscalizar estos tipos de sistemas se emiten permisos y autorizaciones, se evalúan informes de muestreo y se solicitan planes de remediación en aquellos casos donde el mal funcionamiento de los mismos haya causado derrames al agua o al subsuelo. El seguimiento de ambos tipos de sistemas (SIS y TAS) ha sido delegado por la Agencia Federal de Protección Ambiental a través de acuerdos de entendimiento con la JCA.