Por su condición de terreno árido y territorio limitado, la isla da la impresión de que es un área escasa de vegetación. Sin embargo, crecen alrededor de 600 especies de espermatofitas y casi 400 de ellas son plantas vasculares, con alrededor de 50 clases de árboles. La flora de Isla de Mona se parece a la parte suroeste de Puerto Rico, pero también tiene afinidad con la de la República Dominicana. Aquí se dan 4 especies de plantas que son endémicas por lo que no se encuentran en el resto del mundo.

La vegetación en la Isla de Mona tuvo importancia económica en épocas pasadas. Se extrajeron toneladas de postes de Guayacán blanco (Tabebuia roseoalba) para Puerto Rico. Aún quedan en pie extensas plantaciones de Caoba dominicana (Swietenia mahogani) y de Pino Australiano (Casuarina equisetifolia). Además, se introdujeron varias especies frutales, como la palma de coco, la lechosa, el quenepo y algunas citrosas. Además, se encuentran cuatro árboles venenosos, con los que se debe evitar contacto: Papayo (Metopium toxiferum), Manzanillo (Hippomane mancinella), Indio Esnu (Euphorbia petiolaris), Carrasco (Comocladia dodonaea).

Se han identificado 16 diferentes tipos de bosques. Las siguientes clasificaciones son muy utilizadas ya que incluyen a todos los demás bosques:

• El Bosque Matorral de Catos- Tiene una extensión de 2,786 cuerdas y crece generalmente a menos de 6 pies de altura y está compuesto de arbustos y 8 especies de cactus. Se encuentran en los extremos descubiertos del este, norte y el sureste de la meseta y mayormente en el este donde se extiende tierra adentro como una milla.

• El Bosque de Meseta-  Cuenta con 9,960 cuerdas y es el más extenso de la meseta.  Está formado de pequeños árboles que generalmente llegan a tener unos 12 pies de alto.

• El Bosque de la Bajura Central- Tiene unas 364 cuerdas y crece en las depresiones de la meseta donde el suelo es más profundo. Es similar al bosque de meseta, sólo que más denso y elevado, con ejemplares que llegan hasta una altura de 20 pies.

• El Bosque Costanero- Cuenta con 932 cuerdas y se desarrolla en la llanura central, especialmente al sureste entre Playa Uvero y Playa Sardinera. Juzgando por las características de la pequeña área restante, este bosque era el más desarrollado de todos. Contaba con árboles de veinte pulgadas de diámetro y sesenta pies de alto; con algunas especies que se encuentran en otros bosques.