Los usos del agua deben garantizar que el agua que se devuelve al ecosistema sea de una calidad y características físicas que no interfiera con otros usos aguas abajo del lugar en que ocurre la actividad. Los niveles de concentración de contaminantes resultante y la adecuacidad del sistema para sostener la vida acuática son elementos claves a considerar en la planificación de estos usos. En cuanto a los usos de naturaleza extractiva, se debe asegurar que la explotación del recurso no produzca un deterioro que limite su disponibilidad futura. La sobre-explotación de acuíferos costeros provoca un proceso de intrusión salina que podría inhabilitar los mismos de forma permanente. La elaboración de planes de manejo de agua subterránea, donde se limite los niveles de extracción a la recarga del acuífero, debe ser la regla operacional a establecerse. Por otra parte, la extracción de agua de fuentes superficiales debe proveer para mantener en el cauce de los ríos y sus estuarios una cantidad de agua con una calidad adecuada para sostener la vida acuática existente. También es necesario asegurar que las intervenciones en los cuerpos de agua no destruyan los habitáculos, ni interfieran con las migraciones entre río y estuario, que las especies requieren para completar su ciclo de vida. En este contexto, para lograr la sostenibilidad se requiere establecer criterios para los siguientes aspectos:

• Flujos mínimos requeridos para preservar la integridad de losecosistemas.

• Diseño y configuración de tomas.

• Diseño de estructuras que permitan la migración de especies.

• Mantener la morfología de los ríos.

• Dilución de contaminantes y concentración de sedimentos.

Los embalses constituyen la principal fuente de abasto de agua potable en Puerto Rico. La gran mayoría de ellos presentan problemas de disminución en su capacidad de almacenaje, producto de la sedimentación, que limita su rendimiento. Para lograr que estas fuentes estén disponibles para satisfacer las necesidades de las generaciones futuras, sera necesario realizar acciones que aseguren su funcionalidad. En esta dirección, tanto el desarrollo de obras de dragado de embalses, con una adecuada disposición de los sedimentos, como la implantación de mecanismos de manejo de suelos que disminuyan o eviten la generación de sedimentos hacia los cuerpos de agua, son acciones para lograr la sostenibilidad.

Los patrones de desarrollo y uso de terrenos impactan tanto la calidad como la  disponibilidad de los recursos de agua. Los productos tóxicos o desperdicios, cuya disposición y manejo hayan sido inadecuados, eventualmente entrarán en contacto con el agua y producirá contaminación ya sea en las aguas superficiales o en las subterráneas. El movimiento de terrenos asociados a las actividades de la construcción y la agricultura se convierte en Fuentes potenciales de sedimentos que discurrirán a través de la cuenca hasta llegar a ríos y embalses. El desarrollo desmedido aumenta la impermeabilización de terrenos afectando zonas de recarga de acuíferos y provocando un aumento de las velocidades de las aguas de escorrentía. Esta situación disminuye el rendimiento de los acuíferos y los flujos mínimos de los ríos. El desarrollo de planes de manejo de cuencas que incorpore medidas no estructurales, tales como la designación de áreas críticas para la protección del recurso, y medidas estructurales, como el diseño de estructuras para promover la recarga y disminuir velocidades de escorrentías, se ubican en el contexto de la sostenibilidad.