Conocer los datos básicos sobre la biología de las especies de peces de importancia comercial y recreativa es fundamental para poder utilizar adecuadamente el recurso pesquero.  El propósito del programa es estudiar el ciclo reproductivo, la edad y el crecimiento, además de otros aspectos importantes relacionados con la biología y ecología de dichas especies.  La información obtenida de estos estudios sirve como base en la toma de decisiones para establecer planes de manejo que ayuden a preservar el recurso y mejorar la producción pesquera.

Las especies de peces tienen la habilidad de adaptarse a condiciones de explotación pesquera mediante el ajuste del tamaño al cual se reproducen.  Usualmente a través de la pesca se remueven primero los peces de gran tamaño, los cuales representan los adultos maduros.  Un mecanismo de adaptación consiste en la disminución del tamaño de madurez sexual  en respuesta a un aumento en la presión pesquera.  Sin embargo, si esa presión continua aumentando indiscriminadamente, llega a un punto en el cual la especie colapsa. Para poder realizar estos estudios es necesario obtener un mínimo de 25 muestras de cada especie para cada mes del año.  Estos muestreos son posibles gracias a la ayuda de pescadores comerciales, torneos de pesca recreativa y al personal del laboratorio.

Para la década de los 70 se comenzaron los estudios sobre la biología de diferentes especies.  Durante esa década se realizaron estudios sobre la biología reproductiva de el chillo de ojo amarillo (Lutjanus vivanus),  la alinegra o negrita (L. bucanella) y el besugo o chilla rubia (Rhomboplites aurorubens).

A partir de 1987 se han realizado estudios consecutivos sobre la reproducción de varias especies de peces tanto de importancia comercial como recreativa.  Entre estas especies se encuentran los meros cabrilla (Epinephelus guttatus) y mantequilla (Cephalopholis fulva).  Dos especies de chapines (Lactophrys sp.) y entre los pargos la sama (Lutjanus analis), el arrayao (L. synagris) y la colirrubia (Ocyurus chrysurus).  Las especies de loros o cotorros (Sparisoma viride y S. chrysopterum), también fueron estudiadas para los años 90, cuando se observó un aumento en los desembarcos de estas especies.  El dorado (Coryphaena hippurus), las sierras (Scomberomorus cavalla y S. regalis), estas tres especies son de alto valor tanto recreativo como comercial por lo que fue importante estudiar su biología en nuestras aguas.   Otras dos especies de valor recreativo estudiadas los fue el sábalo (Megalops atlanticus) y el róbalo (Centropomus undecimalis).

Desde el año 2003 al presente se han estudiado varias especies.  Del 2003 al 2007 se estudiaron ocho especies de importancia recreativa en la isla siendo estas; dos especies de sardina (Harengula humeralis y H. clupeola), el arencón (Opisthonema oglinum), la barracuda o picúa (Sphyraena barracuda), el peto (Acanthocybium solandri) y tres especies de jureles (Caranx latus, C. hippos y C. crysos).  Durante el año 2005-2006 se estudio la biología de tres especies de pargos de aguas profundas incluyendo el cartucho (Etelis oculatus), la muniama del hondo (Pristipomoides macrophthalmus) y el chillo ojo amarillo (Lutjanus vivanus).

Al presente nos encontramos trabajando con ocho especies de importancia recreativa con el propósito de determinar su ciclo reproductivo.  Estas especies son; pargo amarillo (Lutjanus apodus), arrayao (Lutjanus synagris), japonesa (Melichthys niger),  gallitos (Holocentrus adscensionis y H. rufus), chicharra (Selar crumenophthalmus) y dos especies de balajú (Hemiramphus brasiliensis y H. balao). La información obtenida de estos estudios se ha utilizado en el establecimiento de medidas de manejo cuyo objetivo es preservar el recurso e intentar mejorar la producción pesquera en nuestras aguas. Durante el pasado trimestre correspondiente a enero a marzo de 2011 se decidió reemplazar la especie de balajú (Hemiramphus balao) por la de dorado (Coryphaena hippurus), debido a las dificultades de obtener las muestras necesarias por mes.

En el 1992 se llevo a cabo un estudio sobre la dinámica de la reproducción del dorado, en la cual se estableció el periodo de reproducción de esta especie migratoria alrededor de las aguas de P.R. En dicho estudio se reportaron hembras maduras durante todo el año, con picos de reproducción durante los meses de marzo y junio. En el presente estudio se quiere estimar el tamaño mínimo de reproducción y compararlo con el obtenido en el 1992. Esta es una de las formas de precisar el impacto de la actividad de pesca sobre las poblaciones, según se menciona al principio.