El Departamento de Recursos Naturales y Ambientales a través del Negociado de Pesca y Vida Silvestre mantiene activo el Programa de Conservación y Manejo de Arrecifes de Coral.  Mediante la Ley 147, del 15 de julio de 1999  (Ley Para la Protección, Conservación, y Manejo de los Arrecifes de Coral en Puerto Rico ) se  faculta  al  Secretario del Departamento de Recursos Naturales y Ambientales a desarrollar un programa  con el interés particular de conservar, manejar y proteger estos ecosistemas.  

Los arrecifes de coral son ecosistemas reconocidos mundialmente como altamente productivos. Estos  albergan una gran diversidad de especies de interés comercial y recreativo los que generan gran  interés turístico, son fuente de alimento y sirven de barrera natural, protegiendo la costa de marejadas y tormentas.   

 El Programa de Arrecifes de Coral cuenta con dos categorías principales bajo las cuales se mantienen tareas especificas conducentes a mantener y mejorar la integridad de los arrecifes de coral.

·  Conservación y Manejo

·  Monitoreo de Arrecifes de Coral

Conservación y Manejo

Las tareas descritas bajo esta categoria se enfocan para antender las estrategias locales de manejo conocida por sus siglas en inglés como (LAS- local action strategies). Estas son áreas de interés especial las cuales cubre: falta de concienciación, sobrepesca, contaminación de fuentes dispersas y sobre uso por actividades recreativas.

Monitoreo

Este programa mantiene una base de datos de caracterización y monitoreo de los arrecifes y sus comunidades asociadas en distintas áreas en PR.  Entre estas se encuentran : Isla Desecheo , Rincón , Mayaguez, Guanica, Ponce y Caja de Muertos entre otras. Para detalles adicionales refierase a la sección de Publicaciones de este Programa.

En el ámbito nacional este programa forma parte de la Iniciativa de Arrecifes de Coral en virtud de la Orden Ejecutiva 13809 promulgada por el Presidente de los Estados Unidos William J. Clinton, bajo la cual se constituye el  US Coral Reef Task Force (http://www.coralreef.gov).  Este comité está liderado por el Departamento de Comercio  (NOAA) y el  Departamento del Interior  (DOI), entre otras agencias federales con injerencia  sobre los arrecifes de coral. Además forman parte los Estados, Territorios y Estados Libres Asociados donde están presentes los arrecifes de coral.